该保护区内生活着许多濒临灭绝的高山珍贵动物，有野牦牛、藏羚羊、藏野驴等大型有蹄类动物，还有大量鸟类群集在各个高山湖泊中，数量不亚于青海湖。

这里的自然景观也很优美，有世界上海拨最高的积沙滩沙漠、高原内陆不冻湖——阿其克湖、“高原桂林山水”新青峰、冰川密布的木孜塔格冰峰，此外还有千泪泉、阴阳湖、魔鬼谷等景点；在山中还发现了不少用藏文刻在石头上的密宗咒语。

阿尔金山自然保护区位于若羌县境内，在新藏交界的阿尔金山脉的中段，海拔约为4000米，面积约为4.5万平方公里，它是我国最大的一个高山自然保护区。

由于保护区地理位置偏远，道路条件欠佳，而且经常有野兽出没，前往该地区旅游或考察，一定要经过当地政府的同意并取得必要的协助，经过周密安排和准备再出发。